簡単に言うと、１年間での１０万円を超える医療費を支払った場合、所得税と住民税が安くなる制度です。
（その年の総所得金額等が200万円未満の場合、総所得金額等の5%の金額以上であれば医療費控除が利用できます。　例えば、総所得が160万円なら、8万円以上で医療費控除することができます。）

既に支払い済みの場合は返金され、まだ払っていない分は減額されます。
健康保険が効かないものでも、医療費控除では対象となる場合がある（基準はありますが、交通費なども）ので積極的に利用しましょう。
最大で２００万円まで控除することができます。この医療費控除の制度は誰でも利用できます。
医療費控除を利用するには、1月1日〜12月31日までの医療費・介護費の総額が10万円を超えている必要があります。生計を共にする親族なら医療費・介護費の総額を合算して申告することができます。
「生計を共にする親族」とは、自身が生活費を支出している親族のことです。必ずしも同居している必要はありません。
（親元を離れて暮らす子供、介護施設に入っている親 等）

例えば
夫が医療費7万円、妻が医療費3万円のとき、子供が1万円のとき、家族で合計11万円となり医療費控除制度の対象となります。
大変ですが、家族全員分の領収書を大切に保管してください。
※課税される所得金額とは、給与所得控除などを除いた額です。年収とは異なるので注意してください。

歯科治療で医療費控除の対象となる治療について国税庁ホームページから引用しました。ちょっと難しいのでそれぞれ私なりに要約してみました。

“歯科医師による診療または治療の対価で、その病状などに応じて一般的に支出される水準を著しく超えない部分の金額は、医療費控除の対象となる医療費に該当します。”

➡著しく高額でない、相場の金額であれば高額でも認めます、ということのようです。

確定申告書を提出する義務のない人でも、確定申告をすることによって、納め過ぎの所得税の還付を受けることができます。この申告を還付申告といいます。
既に所得税が前年給与から引かれているため医療費控除によって本来支払う必要がなかった分が、後から返金されます。
住民税の未払い分は割引になり、既に支払い済みであれば返金されます。
還付申告を行った1〜2ヶ月後に返金されます。

所得税・住民税をまだ支払っていないため、医療費控除によって支払うべき税金が安くなります。所得税は納める金額が減額されます。住民税はその年の6月から減額されます。
確定申告の場合は、毎年2月16日～3月15日に必ず行いましょう。自営の方には釈迦に説法ですけれど。

歯科ローンは、患者が支払うべき治療費を信販会社が立替払をして、その立替分を患者が分割で信販会社に返済していくものです。したがって、信販会社が立替払をした金額は、その患者のその立替払をした年（歯科ローン契約が成立した時）の医療費控除の対象になります。 なお、歯科ローンを利用した場合には、患者の手もとに歯科医の領収書がない場合があると考えられますが、この場合には、医療費控除を受けるときの支出を証明する書類として、歯科ローンの契約書や信販会社の領収書を保存してください。

※歯科ローンに係る金利および手数料相当分は医療費控除の対象になりません。

年収800万円のサラリーマンと仮定します。
1年間で総額50万円医療費がかかりました。そのうち15万円は入院でかかりましたが、加入している医療保険から20万円保険金がおりました。
また、医療費控除以外の所得控除合計額は150万円とします。

医療費総額－保険金で補填された金額－10万円
が医療費控除額になります。
ただし、保険金で補填された金額（20万円）は、本来支払うべき医療費（15万円）がMaxとなりますので、オーバー部分（5万円）は無視です。

医療費総額－保険金で補填された金額－10万円　　が医療費控除額になります。
ただし、保険金で補填された金額（20万円）は、本来支払うべき医療費（15万円）がMaxとなりますので、オーバー部分（5万円）は無視です。

例の場合の医療費控除額は以下のとおりです。
50万円（医療費総額）－15万円（保険を使って支払った金顎）－10万円（どの方も１０万円引いてください）＝25万円（この方の医療費控除額になります。）

年間の収入－給与所得控除－所得控除の合計が課税所得になります。

例の場合、課税所得は以下のとおりです。
800万円（年間の収入）－190万円（給与所得控除）－150万円（所得控除の合計）＝460万円 この場合、所得金額の税率は20％（この方の税率）になります。所得税率は太字に相当します。

「医療費控除額×所得税率」で返金額が計算できます。
今回の場合、実際に返ってくるお金は先に述べた赤字部分の掛け算になりますから以下の通りです。
25万円×20%=5万円

同じ方で、例えば当院でお子さんの矯正治療だけ（あるいはご自身のインプラント治療2本）を医療費控除するとしたら
（税込み88万円かかった場合）
88万円－10万円＝78万円（これが医療費控除額）
所得税率が20％
78万円×20％＝156,000円　が戻ってくるということです。
（所得税率が10％の場合は78,000円になります。）
額面通りの金額ではなく、還付される額を差し引いた金額で治療できるということになります。2割引きって結構大きな額ですよね。

領収書やレシートは提出の必要はありません。しかし、証拠として申告から5年間保管する必要があるので、無くさないようにまとめておきましょう。

医療費通知（紙）を利用する
「医療費のお知らせ」などの医療費通知をお持ちであれば、医療費の明細書を自作する必要はありません。

確定申告書用紙は、国税庁のHP又は、税務署の窓口で入手することができます。確定申告書等作成コーナーでも作成できます。

会社員や公務員の方の場合、確定申告書に「源泉徴収票」の内容を転記し、「源泉徴収票」の原本を確定申告書に添付する必要があります。

他にも、状況に応じて様々な書類が必要なることがあるので、市区町村の役場で聞いてみてください。

税務署へ提出するか、e-taxを使ってオンライン上で提出する。

申告から1〜2ヶ月後に返金されます。

支払う所得税が減額されます。
支払う住民税が6月以降減額されます。
確定申告による所得税の還付金は、指定した金融機関に振り込まれます。還付までは1ヶ月から1ヶ月半ほどかかります。

ざーっと医療費控除について記載しましたが、間違っていることもあるかもしれませんので必ず公的機関で確認してください。税務署に出向いたり、国税局電話相談センターを利用するとよいでしょう。正しい方法を教えてもらえると思います。納税者ですから遠慮は無用です。
その他医療費控除に関するご相談は、税理士やファイナンシャルプランナーに相談するのも有効かと思います。
医療費控除は、複雑な制度と感じる方も多いようですが、上手く利用して健康を取り戻すきっかけにしていただきたいと思います。

国税庁ホームページ「医療費控除」
厚生労働省ホームページ「医療費控除の対象となる医療費」